裴夏生副主任在会议上首先总结了2006年创新基金整体工作情况，充分肯定了06年创新基金联审工作取得的成绩，指出2006年开展的国家和地方创新基金项目联合审查的试点工作，是创新基金管理工作的一项重要创新，是创新基金项目评审的一种全新的评审模式。这次参加联审的项目共有2109项，有1300多名专家参与了评审工作，共有近15000人次在创新基金网络工作系统上进行项目评审。在联审过程中，管理中心的同志们和各试点单位的同志们都克服了许多困难，进行了精心的组织，保证了这次联审试点工作的圆满完成。2007年创新基金管理中心将继续联审试点工作，试点推荐单位范围还将适当扩大，在对现有10家单位进行筛选的基础上，要再吸纳一部分新的单位参加，裴主任强调，2007年联审工作要在总结经验的基础上，进一步优化流程，加强过程监控，规范评审行为，提高评审质量。
与会代表也对2006年联审工作进行了认真总结，认为2006年创新基金联审工作产生了非常积极影响：一是促进中央与地方专家资源的共享和整合，提高了地方专家的参与度，是创新基金项目评审工作更加公开透明；二是提高了地方专家的责任感，加速了地方创新基金工作规范化进程；三是充分利用地方专家对当地项目的熟悉优势，提高项目评审的合理性和准确性；四是减少了项目的评审环节，降低了评审成本；五是促进了地方创新基金评审质量的提高。从整体上看，2006年参加联审试点的大多数单位的立项率高于或接近2005年立项率，并大大高出同期项目的平均立项率。
会上基金管理中心审理处向代表报告了06年联审工作主要问题分析和解决设想，10家试点推荐单位针对这些问题进行了热烈的发言和讨论，主要问题包括：一个是评审结果的一致性问题，二是评审结果的规范化问题，三是网络评审的操作问题，四是联审工作的组织管理问题，五是对联审结论的计算与发布问题。
同时，地方代表们针对06年联审工作中出现的其他问题，也提出了意见和建议，如希望创新基金管理中心适当考虑中西部地区的落后情况，给这些地区中小企业发展更多鼓励；建议在评审过程中，允许评审专家在网络上进行适当的交流讨论，明确自己的观点，也给别人提供参考；建议今后专家在极端肯定或否定项目时，特别是一票否决时，应该填写更加详细的意见。在讨论中大家就评审信息透明的问题给予了高度关注，认为为了保证中央和地方联审工作质量及效率，所有信息在内部应该是透明的，应该充分相信地方单位能够严守保密原则。
出席会议的创新基金管理中心各有关处室代表在会议上认真听取了地方与会代表们的意见和建议，直接回答了某些相关问题，并承诺把代表们提出的所有问题带回去认真分析研究，进一步改进工作，为争取2007年创新基金联审工作上台阶做出努力。
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